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METHODS / WORK RECORDS

方法留在这里,工作继续往前。

原有方法笔记与工作快照,保留各自的证据、日期和边界。这里的记录不代表新近完成的工作。

WUTONG / A NOTEBOOK OF METHODS

梧桐技能树

把方法收进叶片,让问题在枝间相遇。

公开方法笔记 · 2026-10-13

叶片里的技能书

从一片叶开始。

点开树叶,读方法、工具和它们的联系。

选择方法

结构与相互作用

结构预测

从模型输入推断候选三维结构。

预测结构和 pLDDT 不验证结合。

AlphaFold 3ESMFold

公开证据与说明

结构与相互作用

分子对接

建模相互作用分子的可能空间排列。

对接姿势是待检验假设。

HADDOCK

公开证据与说明

设计与优化

逆折叠

以给定骨架为条件设计氨基酸序列。

模型适配分数不证明亲和力。

ProteinMPNN

公开证据与说明

设计与优化

界面重设计

保持部分结构或位点固定,提出界面序列变体。

位点约束设计仍需独立评价与结合实验。

ProteinMPNN

公开证据与说明

设计与优化

理性设计

以结构和位点约束提出有理由的序列改动;此处收录的是约束序列设计。

设计理由不是实验证据。

ProteinMPNN

公开证据与说明

物理与能量

计算突变扫描

用模型逐一评分序列变体,提出后续检验候选。

计算分数与实验突变效应分别记录。

ESM-2

公开证据与说明

物理与能量

分子动力学

在指定物理模型下模拟分子运动。

轨迹受采样、初态与力场限制。

OpenMM

公开证据与说明

新方法长新叶;实现改进与验证证据,记在原来的叶片里。没有新证据,就不假装生长。

完整工作记录

VIRTUAL R&D / 任务组织快照

正在推进的工作。

研究目标、当前阶段与下一步。

有记录记录日期: 2026-10-27 03:28:33.851594 UTC覆盖至: 2026-10-26
研究平台 · 当前工程提案与跟进已合并

持续集成工作流维护

证据日期:

整理持续集成执行资源与相关工作流配置。

约束与下一步
目标
整理持续集成执行资源与相关工作流配置。
约束
源码合并已被观察到;没有据此确认部署、持续运行、测试通过或科研效果。
下一步 / 知识回流
按适用范围另行核对部署、回归和实际使用证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

声明回归检查的基线依赖

证据日期:

说明自动化检查中使用基线的代码路径。

约束与下一步
目标
说明自动化检查中使用基线的代码路径。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

为基准定义建立版本与视图

证据日期:

提出按版本组织基准定义与结果查看方式。

约束与下一步
目标
提出按版本组织基准定义与结果查看方式。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进已合并

分离批处理与常驻计算接口

证据日期:

降低批处理与常驻服务接口的耦合,并整理旧入口。

约束与下一步
目标
降低批处理与常驻服务接口的耦合,并整理旧入口。
约束
源码合并已被观察到;没有据此确认部署、持续运行、测试通过或科研效果。
下一步 / 知识回流
按适用范围另行核对部署、回归和实际使用证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划评估记录的视图与接口

证据日期:

为评估记录提出检查视图与访问接口。

约束与下一步
目标
为评估记录提出检查视图与访问接口。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划分层评估覆盖

证据日期:

提出面向软件与研究流程的分层检查范围。

约束与下一步
目标
提出面向软件与研究流程的分层检查范围。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进已合并

接入设计方法适配器

证据日期:

通过适配接口连接一种设计方法。

约束与下一步
目标
通过适配接口连接一种设计方法。
约束
源码合并已被观察到;没有据此确认部署、持续运行、测试通过或科研效果。
下一步 / 知识回流
按适用范围另行核对部署、回归和实际使用证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划有界的数据目录可行性检查

证据日期:

先界定数据目录检查的范围与可行性问题。

约束与下一步
目标
先界定数据目录检查的范围与可行性问题。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进开发中

审阅定期监测的存储与恢复方案

证据日期:

审阅定期监测中的存储、备份与恢复改动。

约束与下一步
目标
审阅定期监测中的存储、备份与恢复改动。
约束
这是开放的非草稿代码提案;开发状态仅指代码提案待审,不表示实时执行或测试通过。
下一步 / 知识回流
核对代码审阅与原始检查证据,再决定后续集成。
研究平台 · 当前工程提案与跟进开发中

让计划引用可移植

证据日期:

修正计划引用方式,减少对特定本地位置的依赖。

约束与下一步
目标
修正计划引用方式,减少对特定本地位置的依赖。
约束
这是开放的非草稿代码提案;开发状态仅指代码提案待审,不表示实时执行或测试通过。
下一步 / 知识回流
核对代码审阅与原始检查证据,再决定后续集成。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划可保留的请求证据与恢复

证据日期:

为重试前保留和找回请求证据提出接口方案。

约束与下一步
目标
为重试前保留和找回请求证据提出接口方案。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划过期服务资源的恢复

证据日期:

为服务资源过期后的恢复提出受控处理方式。

约束与下一步
目标
为服务资源过期后的恢复提出受控处理方式。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划发布后的受控续接

证据日期:

为发布后的流程续接提出明确的终止与继续边界。

约束与下一步
目标
为发布后的流程续接提出明确的终止与继续边界。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划预测方法研究的证据检查

证据日期:

为预测方法研究及其文字整理提出证据核对方案。

约束与下一步
目标
为预测方法研究及其文字整理提出证据核对方案。
约束
这是开放的草稿代码提案,尚未合并;不据此声称测试、模型或服务正在运行。
下一步 / 知识回流
审阅提案范围,并为后续实现检查保留真实证据。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

跟进工作流依赖来源

证据日期:

记录工作流变更后仍需核对的依赖来源问题。

约束与下一步
目标
记录工作流变更后仍需核对的依赖来源问题。
约束
这是仍开放的跟进事项;仅据标题确定一般范围,不推断已经开始、已经验证或已经解决。
下一步 / 知识回流
在授权范围内核对问题与后续证据,再决定是否实施。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

明确检查规划的边界

证据日期:

整理检查规划中的适用范围、拒绝原因和覆盖声明。

约束与下一步
目标
整理检查规划中的适用范围、拒绝原因和覆盖声明。
约束
这是仍开放的跟进事项;仅据标题确定一般范围,不推断已经开始、已经验证或已经解决。
下一步 / 知识回流
在授权范围内核对问题与后续证据,再决定是否实施。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划重复运行的方法资格核对

证据日期:

提出运行检查、实际采用与重复结果的资格核对需求。

约束与下一步
目标
提出运行检查、实际采用与重复结果的资格核对需求。
约束
这是仍开放的跟进事项;仅据标题确定一般范围,不推断已经开始、已经验证或已经解决。
下一步 / 知识回流
在授权范围内核对问题与后续证据,再决定是否实施。
研究平台 · 当前工程提案与跟进规划

规划缺失方法资产的恢复

证据日期:

整理缺失方法资产的恢复与重新生成问题。

约束与下一步
目标
整理缺失方法资产的恢复与重新生成问题。
约束
这是仍开放的跟进事项;仅据标题确定一般范围,不推断已经开始、已经验证或已经解决。
下一步 / 知识回流
在授权范围内核对问题与后续证据,再决定是否实施。
个人工程 · 当前工程提案与跟进规划

规划中断安装后的恢复

证据日期:

为首次安装中断后的安全恢复保留待办。

约束与下一步
目标
为首次安装中断后的安全恢复保留待办。
约束
这是仍开放的跟进事项;仅据标题确定一般范围,不推断已经开始、已经验证或已经解决。
下一步 / 知识回流
在授权范围内核对问题与后续证据,再决定是否实施。

保留的历史快照

VIRTUAL R&D / 任务组织快照

正在推进的工作。

研究目标、当前阶段与下一步。

历史记录记录日期: 2026-10-20 23:01:08.634625 UTC覆盖至: 2026-10-20

历史记录 · 待更新。

个人工程 · 个人工具工程已合并

交互记录的格式校验

证据日期:

允许无关交互记录中的可选状态缺省,同时严格核对选定记录。

约束与下一步
目标
允许无关交互记录中的可选状态缺省,同时严格核对选定记录。
约束
代码已合并;缺失字段不能推断任务状态或科学完成。
下一步 / 知识回流
继续核对异常格式、重复身份与选定记录的边界。
个人工程 · 个人工具工程已合并

消息发送前的身份核对

证据日期:

收窄对原生进程身份的核对,在证据不完整时保留拒绝行为。

约束与下一步
目标
收窄对原生进程身份的核对,在证据不完整时保留拒绝行为。
约束
代码已合并;不据此声明当前部署、发送成功或观察与发送间的竞争已消除。
下一步 / 知识回流
分别验证部署、只读检查与实际操作的适用边界。
研究平台 · 科研平台与方法已合并

未提交任务的中止记录

证据日期:

为尚未提交的任务保留明确中止记录,不伪造执行句柄或完成结果。

约束与下一步
目标
为尚未提交的任务保留明确中止记录,不伪造执行句柄或完成结果。
约束
中止处理代码已合并;工程记录不能证明科学任务已经执行或有效。
下一步 / 知识回流
继续核对中止、恢复和既有授权边界。
个人工程 · 个人工具工程已合并

待办读取与日历覆盖

证据日期:

复用待办读取结果,保留不完整日历采集的覆盖信息和最后有效记录。

约束与下一步
目标
复用待办读取结果,保留不完整日历采集的覆盖信息和最后有效记录。
约束
代码合并已确认;本地读取完整不等于上游同步完整,也不证明长期稳定或提速。
下一步 / 知识回流
继续核对自然运行覆盖与上游同步差异。
个人工程 · 个人工具工程已合并

元数据分页与覆盖

证据日期:

支持有边界的分页与续读,缺失身份仍保留未知状态。

约束与下一步
目标
支持有边界的分页与续读,缺失身份仍保留未知状态。
约束
分页代码已合并;缺失身份的情况仍需处理。
下一步 / 知识回流
补齐缺失身份的处理与运行验证。
工具 · 元数据分页
研究平台 · 科研平台与方法已合并

能力驱动的工程检查

证据日期:

让开发说明明确测试维护、适用范围与未执行的覆盖缺口。

约束与下一步
目标
让开发说明明确测试维护、适用范围与未执行的覆盖缺口。
约束
本次合并更新开发说明;不代表新增调度行为或科学验证。
下一步 / 知识回流
继续按变更范围核对测试选择和缺失覆盖。
个人工程 · 个人工具工程已合并

离线消息整理

证据日期:

将最小消息元数据放入隔离区,支持重复读取与冲突检查。

约束与下一步
目标
将最小消息元数据放入隔离区,支持重复读取与冲突检查。
约束
元数据接入代码已合并;附件归档与持续接线尚未完成。
下一步 / 知识回流
完成适用范围内的归档和接线验证。
工具 · 离线消息接入
研究平台 · 科研平台与方法已合并

工具说明与接线维护

证据日期:

清理过期说明,让工具入口和后续维护检查保持一致。

约束与下一步
目标
清理过期说明,让工具入口和后续维护检查保持一致。
约束
代码与说明已合并;运行效果按具体任务继续检查。
下一步 / 知识回流
持续核对工具与说明的一致性。
工具 · 工具接线检查
研究平台 · 科研平台与方法已合并

优化方法入口整理

证据日期:

让优化方法的入口、配置角色与使用说明保持一致。

约束与下一步
目标
让优化方法的入口、配置角色与使用说明保持一致。
约束
文档与入口已整理;没有新增模型或分子实验结果。
下一步 / 知识回流
用真实任务继续检查入口与方法适用范围。
技能 · 多肽优化方法
研究平台 · 科研平台与优化流程已合并

先导优化方法整合

证据日期:

把不同优化方法接入共享约束、候选来源、反馈与恢复流程。

约束与下一步
目标
把不同优化方法接入共享约束、候选来源、反馈与恢复流程。
约束
优化接口已合并;历史案例复现尚未完成,科学效果仍待验证。
下一步 / 知识回流
完善历史案例恢复与复现,再评价方法效果。
算法 · 序列梯度优化:借助模型反馈逐步调整序列表示,并遵守预先声明的约束。算法 · 局部扩散:在已有候选附近探索受约束的局部变化。算法 · 突变扫描:比较有界的单点或组合变化。算法 · 骨架条件 MPNN:以给定骨架为条件生成序列候选。算法 · MPNN 与 FastRelax:结合序列采样和结构松弛;计算评分需要独立评估。
研究平台 · 科研平台与方法已合并

科研流程预算记录

证据日期:

在预算调整时保留原有动作与失败记录。

约束与下一步
目标
在预算调整时保留原有动作与失败记录。
约束
预算记录机制已合并;不代表研究目标已完成。
下一步 / 知识回流
在适用工作流中验证记录连续性和恢复边界。
工具 · 科研流程记录
研究平台 · 方法与系统验证已合并

能力契约与验证机制

证据日期:

连接能力契约、执行记录和工程检查,让覆盖缺口可以被识别。

约束与下一步
目标
连接能力契约、执行记录和工程检查,让覆盖缺口可以被识别。
约束
验证机制已合并;不代表自进化或科学效果已经得到验证。
下一步 / 知识回流
在真实任务中检查契约覆盖与验证一致性。
工具 · 能力验证
研究平台 · 科研平台与优化流程已合并

改进代码复用检查

证据日期:

避免为名称查询重复构建无关信息,同时保留校验边界。

约束与下一步
目标
避免为名称查询重复构建无关信息,同时保留校验边界。
约束
已核对代码合并;历史审查记录仍保留,合并不等于线上部署或科学有效性验收。
下一步 / 知识回流
分别跟踪后续部署、运行验证和适用范围,不以合并代替这些验收。
研究平台 · 科研平台与优化流程已合并

修复检查入口定位

证据日期:

让检查在明确指定源码范围时正确定位共享工具。

约束与下一步
目标
让检查在明确指定源码范围时正确定位共享工具。
约束
代码已合并;不代表全部下游任务已交付。
下一步 / 知识回流
补齐验收结果,再推进下一阶段。
个人工程 · 个人操作工具与可靠性已合并

日历操作与回读

证据日期:

完善有界查询、去重检查和操作后确认,让不完整结果保持未知。

约束与下一步
目标
完善有界查询、去重检查和操作后确认,让不完整结果保持未知。
约束
代码已合并,设备部署状态待确认。
下一步 / 知识回流
补齐验收结果,再推进下一阶段。
个人工程 · 个人操作工具与可靠性已合并

代理取消与操作回执

证据日期:

修正取消、审批顺序与回执确认,保留不确定操作并避免重复发送。

约束与下一步
目标
修正取消、审批顺序与回执确认,保留不确定操作并避免重复发送。
约束
代码已合并,运行验证待补充。
下一步 / 知识回流
补齐验收结果,再推进下一阶段。
个人工程 · 个人操作工具与可靠性受阻

安装中断后的恢复边界

证据日期:

首次安装被中断后的恢复方式,需要明确所有权与人工决策。

约束与下一步
目标
首次安装被中断后的恢复方式,需要明确所有权与人工决策。
约束
待决策;不代表已运行服务出现故障。
下一步 / 知识回流
补齐验收结果,再推进下一阶段。
研究平台 · 科研平台与优化流程受阻

性质预测方法研究

证据日期:

围绕性质预测方法的上下文使用与证据整理开展研究变更。

约束与下一步
目标
围绕性质预测方法的上下文使用与证据整理开展研究变更。
约束
研究受阻,科学验证尚未完成。
下一步 / 知识回流
解决当前阻碍,完成验收。
算法 · 上下文学习:以给定参考样本为条件进行预测,适用性须由明确的对照验证。
研究平台 · 科研平台与优化流程已合并

测试收集与回放资格检查

证据日期:

改进测试收集与保留记录的回放资格检查,让证据范围保持可追溯。

约束与下一步
目标
改进测试收集与保留记录的回放资格检查,让证据范围保持可追溯。
约束
已核对代码合并;历史审查记录仍保留,合并不等于线上部署或科学有效性验收。
下一步 / 知识回流
分别跟踪后续部署、运行验证和适用范围,不以合并代替这些验收。
研究平台 · 科研平台工程已合并

让工程检查聚焦相关改动

证据日期:

一次小改动也可能等待无关测试,独立工作彼此阻塞。 按改动范围选择检查,并让独立检查分别运行。

约束与下一步
目标
一次小改动也可能等待无关测试,独立工作彼此阻塞。 按改动范围选择检查,并让独立检查分别运行。
约束
实际排队时间和整体提速尚未测量,不能宣称已达到时间目标。
下一步 / 知识回流
实际排队时间和整体提速尚未测量,不能宣称已达到时间目标。
研究平台 · 科研平台工程已合并

减少等待引起的状态误判

证据日期:

等待共享状态更新时,仍在工作的服务可能被误判为过期。 在一致的时间点记录状态,让存活信号不再等待较慢的共享写入。

约束与下一步
目标
等待共享状态更新时,仍在工作的服务可能被误判为过期。 在一致的时间点记录状态,让存活信号不再等待较慢的共享写入。
约束
代码修复不等于线上持续稳定,仍需单独的运行验收。
下一步 / 知识回流
代码修复不等于线上持续稳定,仍需单独的运行验收。
研究平台 · 科研平台工程已合并

让已完成结果顺利交接

证据日期:

已完成的结果可能因格式理解不一致,在交接时被错误拒绝。 对齐实际结果格式,并在接收前核对来源与完整性。

约束与下一步
目标
已完成的结果可能因格式理解不一致,在交接时被错误拒绝。 对齐实际结果格式,并在接收前核对来源与完整性。
约束
隔离回放不代表线上部署验收,也不说明模型准确性或科研效果。
下一步 / 知识回流
隔离回放不代表线上部署验收,也不说明模型准确性或科研效果。
研究平台 · 研究工具可靠性已合并

就绪之前,先真正启动

证据日期:

避免浏览器环境看似安装成功,实际却无法打开页面。

约束与下一步
目标
避免浏览器环境看似安装成功,实际却无法打开页面。
约束
修复已合并;检查通过不等于所有运行环境都已部署验证。
下一步 / 知识回流
继续在实际使用环境核验启动和读取失败的边界。
工具 · 浏览器自动化
研究平台 · 研究流程可核验性已合并

让任务清单带着证据

证据日期:

让状态、证据、阻塞和下一步可以一起核对。

约束与下一步
目标
让状态、证据、阻塞和下一步可以一起核对。
约束
清单是底层记录的视图,不能自行改写状态或证明所有任务完成。
下一步 / 知识回流
持续核对证据缺失、阻塞和下一步的展示是否与原记录一致。
技能 · 证据核对
个人工程 · 个人工具工程已合并

只看字段轮廓的诊断

证据日期:

区分非对象文档与必需字段缺失,让结构错误更容易定位。

约束与下一步
目标
区分非对象文档与必需字段缺失,让结构错误更容易定位。
约束
只报告固定字段是否存在及 JSON 类型,不输出字段值;合并不能证明部署或实际环境正常。
下一步 / 知识回流
独立核对异常输入和诊断输出边界;部署及实际环境行为仍待各自验证。
研究平台 · 持续建设已合并

梳理研究工具的职责

证据日期:

让设计、验证和交付工具更容易被发现,并保持清晰的职责边界。

约束与下一步
目标
让设计、验证和交付工具更容易被发现,并保持清晰的职责边界。
约束
合并状态只指工具职责重组的源码集成;各科学工具的适用性和现场服务验收仍须分别核对。
下一步 / 知识回流
继续按各工具的资格条件检查实际使用,保留原有失败与限制。
研究平台 · 持续建设开发中

让夜间任务更可靠

证据日期:

在存储或数据库中断后,保留证据并让定期监测能够明确恢复或报错。

约束与下一步
目标
在存储或数据库中断后,保留证据并让定期监测能够明确恢复或报错。
约束
恢复与备份需要真实回读;候选方案仍未集成。
下一步 / 知识回流
核对独立检查与部署条件,保留失败时的诊断信息。
研究平台 · 持续建设规划

先明确数据收集边界

证据日期:

为后续性质预测研究准备可追溯的数据收集方案。

约束与下一步
目标
为后续性质预测研究准备可追溯的数据收集方案。
约束
目前只有待定登记和收集计划,没有可用数据、训练模型或合格基准。
下一步 / 知识回流
保留为公开计划,等待合规的数据来源与后续确认。
研究平台 · 持续建设已合并

迁移时保留验证历史

证据日期:

在工具迁移与中断重试中保留原始检查义务和已接受的数据。

约束与下一步
目标
在工具迁移与中断重试中保留原始检查义务和已接受的数据。
约束
范围限于保留检查历史和中断续传的工程实现;不据此声明全部服务已部署或科学资格已成立。
下一步 / 知识回流
在后续迁移中继续核对来源、续传位置和最终内容。
研究平台 · 持续建设开发中

让请求恢复有据可查

证据日期:

让客户端在重试或恢复前找回原请求身份与原始执行证据。

约束与下一步
目标
让客户端在重试或恢复前找回原请求身份与原始执行证据。
约束
证据不完整时保留未知状态,不能自动重复提交。
下一步 / 知识回流
补齐缺失验证,保持恢复与新执行的边界清晰。
个人工程 · 尊重证据的工程实践已发布

明确保留两个日历边界

证据日期:

区分已结束的北京工作日与真实的UTC部分活动观察。

约束与下一步
目标
区分已结束的北京工作日与真实的UTC部分活动观察。
约束
已发布的是区分两种日历的正文与展示;预测待完成,原有模型授权和原生结果验收要求不变。
下一步 / 知识回流
保留预测待完成标记,待可核对的原始结果到来后再补充。
研究平台 · 尊重证据的研究工具已合并

区分比较证据与展示视图

证据日期:

明确保留比较背景,提供紧凑展示,同时保留完整记录入口。

约束与下一步
目标
明确保留比较背景,提供紧凑展示,同时保留完整记录入口。
约束
已核对源码合并;本次未独立重放其记录的验收,不能据此证明分子活性或全部候选流程。
下一步 / 知识回流
保留来源与限制,按各自声明的背景评价新案例。